1900年(明治33)10月15日，经历了45天的航行之后熊楠终于抵达了神户港，来迎接他的弟弟常楠看到哥哥衣着简陋，行李箱里满是书籍和标本，吃惊 不已。

在熊楠飘泊海外的14年间，南方家族逐渐没落，长子继承的家业走向破产，被迫寄住在曾经受过父亲关照的寺院里。熊楠的弟弟常楠却善于经营，使得家业逐渐兴 旺，店铺规模甚至超过其父，熊楠回国后便寄住在弟弟家里。

在离开伦敦之前，大英博物馆的George Murr劝说熊楠，编写日本隐花植物的目录。回到日本后，熊楠重新开始采集和研究隐花植物，此时，他从在英国的福本日南处得知，孙文以中山樵夫的名字在横 滨居住，于是他立刻写信给孙文。1901年(明治34)2月14日，流亡日本的孙文来到和歌山，两人事隔4年再次相见，因为有警察随行，虽然无法深谈，却 得以重温了友情，还留下了与常楠父子的纪念照片。

孙文离开和歌山的时候，送给熊楠一顶经常使用的巴拿马帽，还写了一封把熊楠引荐给自己的保护人犬养毅(后来的日本首相)的介绍信，这封介绍信一直没有被使 用，被南方家保存，巴拿马帽现在展示在南方熊楠纪念馆。

此后两人曾短暂通信，却一直未能再见面，关系也渐渐疏远。在得知孙文去世的消息后，熊楠写下「朋友交往也有季节」，追忆两人的友情。

熊楠在弟弟家里的一个月，每日饮酒不断，后来为了采集淡水藻，寄住于和歌山秋叶町的寺院，每天在和歌山市附近采集标本和研究。在回国后的一年中，他大约采 集到了1277种菌类标本。

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