1900年(明治33)10月15日,经历了45天的航行之后熊楠终于抵达了神户港,来迎接他的弟弟常楠看到哥哥衣着简陋,行李箱里满是书籍和标本,吃惊 不已。
在熊楠飘泊海外的14年间,南方家族逐渐没落,长子继承的家业走向破产,被迫寄住在曾经受过父亲关照的寺院里。熊楠的弟弟常楠却善于经营,使得家业逐渐兴 旺,店铺规模甚至超过其父,熊楠回国后便寄住在弟弟家里。
在离开伦敦之前,大英博物馆的George Murr劝说熊楠,编写日本隐花植物的目录。回到日本后,熊楠重新开始采集和研究隐花植物,此时,他从在英国的福本日南处得知,孙文以中山樵夫的名字在横 滨居住,于是他立刻写信给孙文。1901年(明治34)2月14日,流亡日本的孙文来到和歌山,两人事隔4年再次相见,因为有警察随行,虽然无法深谈,却 得以重温了友情,还留下了与常楠父子的纪念照片。
孙文离开和歌山的时候,送给熊楠一顶经常使用的巴拿马帽,还写了一封把熊楠引荐给自己的保护人犬养毅(后来的日本首相)的介绍信,这封介绍信一直没有被使 用,被南方家保存,巴拿马帽现在展示在南方熊楠纪念馆。
此后两人曾短暂通信,却一直未能再见面,关系也渐渐疏远。在得知孙文去世的消息后,熊楠写下「朋友交往也有季节」,追忆两人的友情。
熊楠在弟弟家里的一个月,每日饮酒不断,后来为了采集淡水藻,寄住于和歌山秋叶町的寺院,每天在和歌山市附近采集标本和研究。在回国后的一年中,他大约采 集到了1277种菌类标本。
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