很早就喜好生物学的摄政宫殿下曾经读过gurieruma•risuta的「粘菌图谱」，他向生物学研究所的服部广太郎博士提出希望看到粘菌标本，于是在 1926年(大正15)11月，知道这个消息的小畔四郎推动熊楠、上松、平沼和东京大学的柴田、早上比奈等人制作了37类90件的国产粘菌标本，以敬献人 小畔四郎、标本选定人南方熊楠的名义敬献给当时的皇太子。
1928年(昭和3)10月，日高郡要砍伐妹尾的国有林，从田边森林管理署署长那里得到消息的熊楠和上松立即进山，一直到次年1月的80余天里，忍着腰部 风湿等病痛夜以继日地采集和制作标本，发现了许多新的种类。
就在这一年的3月初，发生了一件意想不到的事情。皇宫内生物研究所主任服部广太郎博士突然秘密来访，希望在天皇出游和歌山时能够听到熊楠关于粘菌的讲座， 熊楠很快接受了邀请。无官无位的人给天皇献讲，可谓前所未闻，消息传出，熊楠名声大振。
1929年6月1日(昭和4年)，从早上开始就下着小雨,熊楠穿上礼服，登上县立水产试验场的船驶向了神岛。天皇在下午2点抵达了神岛。熊楠引导着天皇在 神岛林中视察之后，在长门舰上一边给天皇解释着各种标本，一边讲解了粘菌和海中生物，最后还向天皇赠送了110个粘菌标本。
当时在场的侍卫野口回忆道，「听说他是奇人、怪人，其实他非常懂得礼仪，就像一个绅士，不愧在国外生活过，而且也像日本人一样对皇室很虔诚。」
对熊楠来说，这一天是一生中最为难忘的。回家后，他拉着松枝夫人跑到照相馆，两人拍摄了亲密的纪念照，还向亲友分发糖果，共同分享这份喜悦。
次年，天皇出行纪念碑修建时，熊楠期盼神岛因为天皇的关爱而受到永久保护，挥笔写下感谢天皇的诗句。刻有此诗的石碑，以繁茂树林做为脊背，正是建在当年天 皇上陆的地方。
1962年(昭和37)5月，昭和天皇•皇后两陛下再次来到和歌山，曾隔海眺望30多年前到过的神岛，并写下了「雨中眺望神岛 想起纪伊国的熊楠」的诗句。这个诗碑现在就在南方纪念馆。
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